《合金弹头：战略版》是一款挑战玩家适应性的游戏，其独特的战棋玩法和机制让人既爱又恼。对于“合金弹头”系列的忠实粉丝来说，回合制战棋的玩法显然脱离了他们的预期；而战棋玩家则会发现游戏在一些基础设定上与传统战棋存在较大差异，导致玩家需要时间去适应和理解。
《合金弹头：战略版》没有传统战棋中的反击机制，这意味着玩家更依赖于“闪避”来提升生存能力，甚至能通过远程移动获得额外防御。在这种设定下，游戏鼓励进攻，玩家可以通过移动来增加闪避值，进而抵挡伤害。此外，地形中的掩体为单位提供额外减伤效果，甚至可以通过摧毁敌人的掩体来改变战局。
游戏还加入了“连携攻击”系统。当敌人受到攻击时，周围的友军有机会触发连击，使战斗充满了即时动作感。每回合，玩家可以操控三名角色，最多进行九次攻击，使得连携系统变得极为重要。若能合理规划角色的移动与攻击，连携可以大大提升战斗效率，甚至复刻正作中的流畅战斗感。
游戏也存在一些限制，比如大多数角色的攻击方式为十字形，玩家必须将角色置于敌人同一列以便触发连携，这限制了战术选择的灵活性。此外，由于敌人的伤害可能波及到友军，连携的布局就更加复杂。玩家必须在每一步都精心规划，以避免错失攻击机会。
《合金弹头：战略版》中的高低差和敌人无尽增援系统，使得每场战斗都充满了挑战。在一些关卡中，敌人会不断刷新，玩家必须尽快完成任务目标，否则很容易陷入无休止的战斗之中。这种设计虽然增加了游戏的挑战性，但也让部分玩家感到压力巨大。
游戏还融入了“肉鸽”元素。玩家可以选择三名初始角色，挑战随机生成的小关卡并与BOSS对战。每完成一关，玩家都能获得战利品，用以升级角色或解锁新技能，增加了游戏的可玩性和多样性。
